会计核算科内设三个办公室，分别为核算办公室、会计凭证档案室、监管办公室，主要履行以下工作职责：
一、核算办公室职责
（一）根据国家有关财政法规、制度，负责海南大学海甸校区手工会计凭证的编制、审核记账，银行收入确认、审核记账，收入到账认领初审、复核记账。
（二）负责对海甸校区往来款项、不明款项进行定期清理，负责海甸校区离校和退休人员欠款情况查询，
（三）负责科研课题结题审核和2019年及以前年度科研课题收支明细账的查询、打印。（2020年启用云杰系统后，项目负责人可自行查询、打印科研课题明细账）
（四）负责提供巡视、纪检、监察、审计、财政、税务、银行、等部门监督与检查工作需要的账务明细账。
（五）负责学校月、季、年终会计报表的编制及各类财务数据、财务报表、财务信息的对内、对外报送。
（六）负责银行贷款还本付息、配合办理银行借款。
（七）完成处领导交办的其他工作。
二、会计凭证档案室职责
（一）负责海甸校区会计凭证的定期顺号、整理、装订。
（二）负责会计凭证、会计账簿、会计报表的接收和保管。
（三）每年向校档案馆移交上一年的会计凭证、会计账簿、会计报表。
（四）负责会计档案对内、对外查询，做好查阅登记，协助查阅人员查阅相关会计资料。
（五）配合核算办公室对会计档案的调阅和检查工作。
（六）完成处领导交办的其他工作。
三、监管办公室职责
（一）对海南大学教育基金会账户的业务审核，填制会计凭证，记账，核算，编制会计报表。记账凭证的整理装订。对各类会计档案进行分类、装订、归档。
（二）国际旅游岛账户的业务审核，填制会计凭证，记账，核算，编制会计报表。记账凭证的整理装订。对各类会计档案进行分类、装订、归档。
（三）海南大学党委组织部账户的业务审核，填制会计凭证，记账，核算，编制会计报表。记账凭证的整理装订。对各类会计档案，进行了分类、装订、归档。
（四）负责指导和监管三亚研究院的财务工作。
（五）推进海南大学教育基金会的网络化建设工作。
（六）负责指导儋州校区，海大幼儿园，海大工会，海大医院会计业务工作。
（七）完成处领导交办的其他工作。